Почервонілі плоди вважаються менш якісними, ніж зелені, їх або закопують у землю, або висушують або коптять. Червоні плоди використовують для приготування чіпотлі. При обробці свіжих перців халапеньо можна отримати легке подразнення шкіри, тому збирачі врожаю та укладачі використовують рукавички.

Більшість урожаю перцю збирається недозрілою, звідси невеликий його розмір у 5 см, зелений колір та помірна пекучість. У дозрілому вигляді він має червоний колір, трохи солодкуватий смак і досягає в довжину близько 9 см. Його популярність обумовлена ​​особливістю – гостротою, що наростає.

Зелений чилі – той же червоний, Тільки незрілий; порівняно з червоним він містить менше вітамінів, але в пекучості (залежно від сорту) червоному не сильно поступається.

Перець халапеньо Халапеньо набирає від 2500 до 8000 балів за пекучістю. Для порівняння: у звичайного чилі від 30000 до 50000, а найгостріший у світі перець сорту «Скорпіон Тринідада» набрав понад мільйон! Смак халапеньо – Пряний, трохи трав'янистий, що створює в роті відчуття приємної теплоти.